機巧少女〈マシンドール〉は傷つかない

Durante su viaje a la Academia Walpurgis de Machinart, Raishin y su autómata, Yaya, detienen un tren fuera de control en el que se encontraban. Al llegar a la Academia, Raishin obtiene el nombre de El Segundo Último por colocarse en la segunda peor posición en la prueba de acceso. Dejando de lado a su grado, Raishin está decidido a luchar en el Festival, un torneo de lucha de autómatas en el que solo se permiten los mejores 100 estudiantes para participar para ganar el título de Hechicero. Raishin se encuentra con Charlotte y su autómata Sigmund, a quienes desafía, a una batalla, la cual, fue interrumpida por otros estudiantes. Raishin y Yaya derrotan a los otros estudiantes con facilidad, y después de notar de que Sigmund tiene una lesión grave, Raishin se retira de su batalla

Sabiendo que iba a perder en una batalla dada las diferencias extremas en el nivel de habilidad, Raishin da a Magnus un pequeño frasco en lugar de su desafío en batalla. Félix, el jefe del comité de disciplina, encarga a Raishin a eliminar una entidad desconocida conocida como Cannibal Candy, quien ha destruido muchos autómatas y causó la desaparición de 26 estudiantes, a cambio de la entrada en el Festival. Charlotte le pide a Raishin a ir a una cita, y él acepta a pesar del disgusto de Yaya. En otro día, Raishin, explica a fondo que solo comenzó a estudiar hace dos años, lo que explica su bajo rendimiento académico. Charlotte le confiesa a Raishin que ella cometió un terrible pecado en el pasado. Después de la cita, Raishin y Charlotte se topan con otra escena del crimen, ocasionado por la Cannibal Candy.

En la escena del crimen, Raishin y Charlotte se encuentran con Félix, quien asusta a Charlotte a lo lejos. De vuelta en los dormitorios, Raishin le da a Yaya un par de botas y le dice que salió con Charlotte para confirmar que no es Cannibal Candy. Raishin recibe una llamada telefónica de Lisette diciéndole que Charlotte no se encuentra en su dormitorio. Shoko hace una visita a los dormitorios con Irori y Komurasaki. Ella le dice a Raishin que los autómatas no son seres humanos, y recuerda aquel tiempo cuando conoció a Raishin. Lisette toma a Raishin en un laboratorio autómata.

Raishin y Yaya aprenden sobre el pasado de Charlotte gracias a Sigmund: La familia de Charlotte se distingue por hacer autómatas, pero la familia fue despojada de todo, cuando el joven Príncipe de Gales fue herido por uno de sus autómatas. Así Charlotte asiste a la escuela con una beca y está ahorrando para comprar de nuevo los corazones de la víspera de los autómatas de su familia y espera reunirse con su familia algún día. "Lisette" se revela como el autómata de Félix, Eliza, que es capaz de absorber las habilidades mágicas de autómatas que devora. Mientras ella y Yaya luchan, el cuerpo de Eliza se convierte en niebla atrapando a Yaya dentro, pero la sangre de Yaya se derrama en Eliza, haciendo que la eficacia de los ataques de Eliza disminuya a medida que solo un tipo de magia puede ser utilizado a la vez y la destruye.

Raishin y Yaya entran a su habitación de la residencia y ven a Frey atrapada en su misma trampa que ella había hecho para Raishin. Más tarde ese día, Frey construye otra trampa mediante la construcción de una jaula sólo para que quede atrapada ella misma. Su hermano, Loki llega a advertir a Raishin que los titiriteros han tomado nota de lo que hizo él para vencer a Félix y Eliza y esto solería la mejor forma de retirarse del Festival, Raishin se niega. Esa noche, Frey se mete en la cama de Raishin en otro intento de asesinato, pero se queda dormida en su lugar.

Yaya recupera la conciencia después de haber sido gravemente dañada por el ataque, pero está en necesidad de reparaciones por un experto manufacturero de autómatas. En el orfanato Raishin y Komurasaki conocen a Yomi, el autómata prototipo de la serie Garm, que está a punto de ser eliminado. Yomi les muestra todo el orfanato y aprenden acerca de los antecedentes de Frey. Terminan en un laboratorio donde se da lugar a experimentos ilegales en los seres humanos hasta que suena la alarma. Raishin, Komurasaki, y Yomi son perseguidos por los guardias a través de las alcantarillas y Yomi les advierte que si Frey pierde durante el Festival, la serie de autómatas Garm será eliminada y se sustituirá por la serie Ángel.

Con Raishin inconsciente, Loki, al darse cuenta de que Yaya lucharía agresivamente, se aleja y opta por no tomar su guante. Loki es encarado por Bronson por dejar caer su puesto de 7 hasta el 99 para mantener a Frey fuera de la lucha. Raishin despierta en la enfermería como el ataque perdió sus signos vitales. Fuera de la enfermería, Loki y Frey luchan entre sí. Rabbi se descontrola y empieza a drenar la sangre de Frey, absorbiendo su poder mágico. Justo antes de que Rabbi ataque a Loki, Raishin interviene y los dos de ellos se detiene el rabino. Raishin se entera de que Frey es un blanco sintético medio, una niña con grandes niveles de magia debido a una instalación artificial de un circuito mágico implantado en su corazón. Raishin y Yaya regresan al orfanato sólo para encontrar a los autómatas Garm ya desguazados. Ellos son emboscados y Loki llega a escena.

Kimberley trae a Frey y Charlotte al orfanato para observar la pelea. Raishin y el autómata de Loki batallan contra el autómata de Bronson, Lucifer, el último modelo de los autómatas Ángel, que abruma a Yaya y a Cherubi. Bronson explica que él trajo a Frey y Loki de América a ser sujetos de prueba para sus experimentos para el progreso de lahumanidad. Al trabajar juntos, Yaya y Cherubi en destruir a Lucifer, Cherubi lo confronta en combate directo, mientras que Yaya utiliza explosivos ocultos en sus mangas para desactivar su circuito de chorros. Bronson está a punto de disparar a Raishin y Loki, que han colapsado tanto por las lesiones

La chica a la que salvó Yaya resultó ser la hermana menor de Charlotte, Henriette, que tuvo varios intentos de suicidio fallidos. Al darse cuenta de que el ataque a la torre del reloj es contradictorio con la naturaleza de Charlotte, Raishin va a buscarla. Cedric había enviado a Charlotte para ver a Raishin con una advertencia para que se quede lejos de Henriette. Frey localiza a Henriette con su autómata, justo antes de que ella se ahorque. Esa noche, Raishin está listo para enfrentar el titiritero ubicado en el puesto 87º, que no aparece. Henriette hace otro intento de suicidio fallido, pero es detenido por Charlotte.

Yaya intenta seguir a Raishin, pero es detenida por Kimberley quien le advierte que está siendo observado. Shin acompaña a Charlotte de nuevo ante Cedric, que arremete contra Charlotte por su aproximación indirecta por desenmascararlo en su intento de asesinato. Raishin y Henriette navegan bajo tierra y mientras descansan, encuentran un terreno común ya que ambos fueron considerados como los hermanos inferiores. Más tarde se encuentran con Magnus y uno de sus autómatas se parece a Nadeshiko, así como a Rutherford. Shin ataca a Raishin pero el autómata de Magnus interviene y fuerza a Shin a retirarse. De vuelta a la superficie, Raishin se reúne con Yaya. De vuelta en el dormitorio, Raishin dice a Yaya que sus difuntos padres habían arreglado para un matrimonio para él con Nadeshiko.

Shin hiere a Raishin pero se retira debido a la aparición inesperada de Loki y Frey. De vuelta en la enfermería, Henriette le dice a Raishin que ella tiene la culpa por dejar que el autómata que atacó al Príncipe de Gales fuera suelto y que había tratado de matarse para que Charlotte no cargue con su vida. Mientras tanto, Sigmund pide a Charlotte detener el asesinato y Raishin llega a decirle que matar a Rutherford hará que su sueño de restaurar el estado de su familia se vuelva imposible. Incapaz de ver las cosas de la misma manera que Raishin, Sigmund y Yaya pelean.

Shoko recuerda el pasado cuando le dio a Raishin una nueva oportunidad de vida, con la condición de que él mate a Tenzen o de lo contrario, usaría las partes de su cuerpo para construir un autómata. Antes de la lucha de Raishin contra Shin, Charlotte le cuenta la verdad a Frey sobre su situación para mantener Raishin lejos de ponerse a sí mismo en peligro. Durante la batalla, Raishin consigue que Shin lo ataque desde atrás, donde Yaya lo estaba esperando. Ella encierra a Shin en una pared de ladrillo y lanza repetidamente golpes para inmovilizarlo. Luego sigue Sigmund y dispara su cañón Luster. Shin esquiva el ataque, lo que confirma la presencia de su titiritero, y que no pudo haber esquivado el ataque sin un titiritero que reabastezca con magia. Frey localiza a Cedric y Yaya activa su capacidad Fortaleza Final para derrotar a Shin. Cedric y Shin se retiran; y Cedric se revela como el 87º titiretero clasificado, Alice Bernstein.